Oczyszczalnia FEL składa się z komory napowietrzania, osadnika wtórnego i systemu dostarczania powietrza (dmuchawa powietrza i dyfuzor). Ścieki bytowe najpierw wpływają do komory napowietrzania. Jej centrum jest wyposażone w mały dyfuzor pęcherzykowy. Dostarczone sprężone powietrze utlenia zanieczyszczenia organiczne. W komorze napowietrzania odbywa się cyrkulacja osadu czynnego i zanieczyszczeń. Po pewnym czasie od uruchomienia oczyszczalni wytwarza się błona biologiczna na złożu biologicznym. Kiedy strumień cyrkulacji opada, stężenie rozpuszczonego tlenu zmniejsza się, na błonie biologicznej rozwija nie tylko proces rozkładu zanieczyszczeń organicznych, ale również procesy nitryfikacji (proces utleniania amoniaku do azotanów) i denitryfikacji (zużywanie tlenu znajdującego się w azotanach i azotynach). W rezultacie stężenie azotu w oczyszczonych ściekach zmniejsza się. Zatem w wyniku działania tych procesów zachodzi oczyszczanie ścieków. Następnie oczyszczone ścieki i osad wpadają do osadnika wtórnego. Zachodzi proces oddzielania: osad oddziela się (wytrąca się) od ścieków. Oczyszczone ścieki są przenoszone przez przegrodę do zatrzymania cząstek pływających do rury i wypływają z oczyszczalni.

Biologicznie oczyszczone ścieki bytowe nie są szkodliwe dla środowiska, więc mogą być odprowadzone do płynących wód powierzchniowych (rzek, kanałów, rowów). W przypadku braku takiej możliwości oczyszczone ścieki mogą być odprowadzane do ziemi. Mogą być również gromadzone i wykorzystywane jako woda techniczna (podlewanie trawników, mycie samochodu itp.)